阿根廷足协遭FIFA对若干场比赛中的行为提起纪律程序，指控包括“在体育赛事中进行非体育性质示威”等四项不同条款。据FIFA声明，指控缘由涵盖歧视性口号和动作、晚开球、未遵守比赛与安保规程、球队与观众展示不当信息以及观众掷物等问题。

半决赛对英格兰时，部分阿根廷球员和球迷展示写有“Las Malvinas son Argentinas”（“福克兰群岛属阿根廷”）的白色横幅，横幅疑由球迷带入并被吉奥瓦尼·洛塞尔索翻越广告牌取下，曼联后卫利桑德罗·马丁内斯也在场上展示该旗帜，横幅随后据称出现在球队训练营。赛后有球迷与球员高呼“为死去的英格兰默哀一分钟”等挑衅性口号。

针对决赛后的冲突，FIFA对三名球员及助教分别立案：中场莱安德罗·帕雷德斯被控三项袭击罪名（包括掐埃里克·加西亚并击打加维面部）；纳乌埃尔·莫利纳被控两项（一项已遂、一项未遂），涉及击中西班牙中场罗德里胸部；助理教练罗伯托·阿亚拉因与丹尼·奥尔莫的冲突被控一项。边锋蒂亚戈·阿尔马达和西班牙中场加维被控赛后不当行为，莫利纳亦面临一项不当行为指控。

FIFA表示，阿根廷方面可在FIFA纪律委员会作出决定前陈述立场。阿根廷在决赛中亦因赛后在西班牙球员庆祝时爆发肢体冲突及队员在颁奖时背对奖杯而遭到广泛批评。被罚下的中场恩佐·费尔南德斯在社交媒体为球队辩护，称该队代表国家以荣誉、谦逊和拼搏精神竞争。